Intelligent Pharma tiene dos potentes grupos de I+D. Uno de ellos está focalizado en la química computacional y el otro en las tecnologías computacionales aplicadas al diseño de fármacos. Los dos equipos cooperan en distintos proyectos de investigación interdisciplinarios, que se detallan en esta sección. Algunos ya han recibido premios y distinciones por parte de la comunidad científica.

Intelligent Pharma ha recibido subvenciones y ayudas a la financiación para llevar a cabo muchos de sus proyectos de I+D. Las instituciones que han concedido dichas ayudas son, entre otras, ACC1Ó, ICREA, y el Ministerio de Ciencia e Innovación.